Сергей ВОЙТЕНКО родился 12 мая 1973 года в селе Богдановка в Нефтегорском районе Самарской области. В возрасте 7 лет он начал учиться играть на баяне в местной музыкальной школе. Позже поступил в Самарское музыкальное училище по классу баяна.

После училища Сергей поступил в Самарский педагогический университет. На этот момент ВОЙТЕНКО успел стать лауреатом трёх Всероссийских конкурсов молодых баянистов и аккордеонистов. В 1999 году Сергей окончил аспирантуру при Российской Академии Музыки, и был принят на кафедру музыкальных инструментов Самарского Государственного педуниверситета.

Сергей ВОЙТЕНКО в основном играл сольно под аккомпанемент симфонического, камерного или народного оркестров. Но в 2000 году он организовал квартет «НОН СТОП» со своими друзьями.

В 2002 году ВОЙТЕНКО организовал международный баянный фестиваль «ВИВАТ, БАЯН! СЕРГЕЙ ВОЙТЕНКО И ЕГО ДРУЗЬЯ». Он выступил в роли художественного руководителя и продюсера фестиваля. 

В 2005 году наступил новый этап в творческой жизни Сергея. Поиски нового звучания для баяна привели его к союзу с другим талантливым самарским баянистом — Дмитрием ХРАМКОВЫМ. Дуэт Сергея и Дмитрия, получивший название «БАЯН МИКС», стал настоящим прорывом в российской эстраде. Небывалая энергетика, великолепная техника исполнения, палитра используемых стилей, соединение классических произведений и современных аранжировок сделали этот коллектив уникальным. Концерты дуэта «БАЯН МИКС» проходят не только в России, но и далеко за её пределами. В репертуаре дуэта – классические произведения в современных танцевальных аранжировках, популярные мелодии и всемирно известные хиты, а также авторские композиции.